Uma hiper-heurística de seleção baseada em decomposição para estabelecer sequências de módulos para o teste de software

Orientador : Prof. Dr. Silvia Regina VergilioDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Exatas, Programa de Pós-Graduação em Informática. Defesa: Curitiba, 03/12/2015Inclui referências : f. 82-88Resumo: Algoritmos multiobjetivos têm sido amplamente utilizados na busca de soluções de diver-sos problemas da computação, e mais especificamente para resolver problemas de Engenharia de Software na area conhecida como SBSE (Search Based Software Engineering). Contudo, conforme são intensificadas as aplicações destes algoritmos, tem-se a dificuldade de determinar qual algoritmo ou quais operadores são os mais indicados para um dado problema. Neste cenário as hiper-heurísticas são usadas para que o processo de busca seja guiado de forma que o melhor operador para o problema seja escolhido automaticamente. Neste contexto, destaca-se a hiper-heurística chamada HITO (Hyper-heuristic for the Integration and Test Order Problem), proposta para resolver o problema de estabelecer uma sequencia de módulos para o teste de integração (ITO - Integration and Test Order problem ). Em experimentos, a HITO obteve bons resultados, no entanto, existe a dificuldade para utilizar a HITO em conjunto com algoritmos baseados em decomposto, tais como o MOEA/D e MOEA/D-DRA. Estes algoritmos tem se mostrado bastante competitivos na literatura. Tendo este fato como motivação, este trabalho introduz uma hiper-heurística chamada HITO-DA (Hyper-heuristic for the Integration and Test Order Problem using Decomposition Approach) que propõe uma adaptação na HITO para permitir seu uso com algoritmos baseados em decomposto, na busca de soluções para o problema ITO. A HITO-DA foi instanciada com a meta-heurística MOEA/D-DRA usando o algoritmo de seleção FRRMAB (Fitness Rate Rank Multi Armed Bandit), e um novo algoritmo de seleção FRRCF (Fitness Rate Rank with Choice Function), proposto neste trabalho, que combina características do FRRMAB e CF (Choice Function). No estudo empírico conduzido a HITO-DA obteve melhores resultados do que a meta-heurística MOEA/D em todos os casos, e melhor desempenho em sistemas maiores, quando comparada com a HITO.Abstract: Multi-objective algorithms have been widely applied to find solutions in several problems, more specifically to solve Software Engineering problems, in the field called SBSE (Search Based Software Engineering). However, while these applications are intensified, we find some difficulty to select the most suitable operator for a problem. In this given scenario, hyper-heuristics are used to guide the search process in order to find the most suitable operator for a given problem. In this context, we find a hyper-heuristic, called HITO (Hyper-heuristic for the Integration and Test Order problem), proposed to solve the Integration and Test Order problem (ITO). HITO obtained good results, however, to adapt HITO to work with decomposition based algorithms, such as MOEA/D and MOEA/D-DRA, is a hard task. In the literature, these algorithms have shown competitive results. Based on this motivation, this work introduces a new hyper-heuristic called HITO-DA (Hyper-heuristic for the Integration and Test Order Problem using Decomposition Approach) that adapts HITO to work with decomposition based algorithms and to solve the ITO problem. The HITO-DA was instantiated using the algorithms MOEA/D-DRA, using the selection algorithm FRRMAB (Fitness Rate Rank Multi Armed Bandit) and a new algorithm, introduced in this work, named FRRCF (Fitness Rate Rank with Choice Function). FRRCF combines characteristics of the algorithms FRRMAB and CF (Choice Function). The conducted empirical study shows that HITO-DA obtained better results than MOEA/D in all cases, and obtained better results than HITO, in bigger systems

Ácido cítrico e fósforo no desenvolvimento e estado nutricional de mudas de café

In weathered soils, there is an increased retention of anions such as phosphate. Organic acids of low molecular mass have been shown an effective way to provide nutrients before it showed unavailable in the soil, such as phosphorus. The objective was to evaluate the quality and growth content of seedlings of ‘Catuaí Vermelho’ coffee (IAC-99), submitted the application of citric acid and phosphorus concentrations in the substrate. Was used the factorial scheme (4x4), being the first factor concerning the application of citric acid anidre to the substrate (0,0; 0,5; 1,0 e 2,0 mg dm-3), and the second concerning the doses of phosphorus (0, 450, 900 e 1800 mg P2O5 dm-3), in substrate. The experimental design was a randomized complete block with five replicates. The seeds were germinated in bags with standard substrate for coffee seedlings, adjusted according to the treatment with applications of phosphorus. Citric acid was applied when the seedlings had the cotyledons. The evaluation has been held at 180 days after sowing when the seedlings had four to five leaf pairs expands. Were measured the foliar levels, and fhytotechnical atributes and from these determined Dickson quality index. Doses of 1404.0 mg P2O5 dm-3 and 1.0 mg dm-3 of citric acid in the substrate positively influenced the maximum quality of the seedlings. Was not effective dose of 2.0 mg dm-3of citric acid for the development of the same quality to the point of planting, while increasing the concentration of Ca, N, P, S, Cu, Fe and Zn in the leaves.Em solos intemperizados existe um aumento da retenção de ânions como o fosfato. Ácidos orgânicos de baixa massa molecular têm sido eficazes para disponibilizar nutrientes considerados “indisponíveis no solo”, como o fósforo. Objetivou-se avaliar o desenvolvimento, a qualidade e o estado nutricional de mudas de café cultivar Catuaí Vermelho (IAC 99), submetidas à aplicação de diferentes concentrações de ácido cítrico e fósforo no substrato. Utilizou-se esquema fatorial (4x4), sendo o primeiro fator referente à aplicação de ácido cítrico anidro (0,0; 0,5; 1,0 e 2,0 mg dm-3) e, o segundo referente às doses de fósforo (0, 450, 900 e 1800 mg P2O5 dm-3), aplicadas no substrato. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, com cinco repetições. As sementes foram germinadas em saquinhos com substrato padrão para mudas de café, ajustado conforme os tratamentos. O ácido cítrico foi aplicado quando as mudas apresentavam as folhas cotiledonares. As avaliações foram realizadas aos 180 dias após a semeadura, quando as mudas apresentavam-se com quatro a cinco pares de folhas expandidas, sendo avaliados os teores foliares e atributos fitotécnicos e, a partir destes, determinado o índice de qualidade de Dickson. As doses de 1.404,0 mg P2O5 dm-3 e 1,0 mg dm-3 de ácido cítrico no substrato influenciam, positivamente, na qualidade máxima das mudas. Não foi efetiva a dose de 2,0 mg dm-3 de ácido cítrico para o desenvolvimento com qualidade das mesmas até o ponto de plantio, embora tenham aumentado os teores de Ca, N, P, S, Cu, Fe e Zn, nas folhas

A RELEVÂNCIA DO TREINAMENTO FUNCIONAL PARA AS CAPACIDADES FÍSICAS, FUNCIONAIS E ASPECTOS DA SAÚDE DE IDOSOS

There is evidence that Functional training (FT) improves the functional, physical and health capacities in older adults. However, no review study has grouped this information. The objective was to describe the importance of FT for maintaining and improving functional, physical and health capacities in older adult. Our study was a narrative review. FT improves the functional (mobility, balance, and basic and instrumental activities of daily living) and physical capacities of older adults. In older adults with chronic diseases, e.g. arterial hypertension, diabetes and cancer, TF helps as a complementary therapy to improve hemodynamic parameters, metabolic control and quality of life. This type of physical exercise also acts as a preventive therapy for cardiovascular problems. FT is an alternative of physical exercise with proven efficiency for health aspects that can be used by Physical Education Professionals.Há evidências de que o Treinamento Funcional (TF) melhora as capacidades funcionais, físicas e de saúde em idosos. Todavia, nenhum estudo de revisão agrupou essas informações. O objetivo foi descrever a relevância do TF para manutenção e melhoria das capacidades funcionais, físicas e de saúde em idosos. Tratou-se de um estudo de revisão narrativa de cunho qualitativo. O TF melhora as capacidades funcionais (mobilidade, equilíbrio nas atividades básicas e instrumentais da vida diária) e físicas de idosos. Em idosos com doenças crônicas, e.g., hipertensão arterial, diabetes e câncer, o TF também auxilia como terapia complementar para melhora de parâmetros hemodinâmicos, do controle metabólico e da qualidade de vida. Essa modalidade de exercício físico também atua como terapia preventiva para problemas cardiovasculares. Conclui-se que o TF é uma alternativa de exercício físico para ser utilizado pelos Profissionais de Educação Física de comprovada eficiência para aspectos da saúde

Esôfago de Barret: Diagnóstico e Manejo

Gastroesophageal reflux disease (GERD) is a condition in which the acidic contents of the stomach flow back into the esophagus, causing symptoms such as heartburn, regurgitation, and chest pain. The diagnosis of GERD is based on clinical evaluation and may involve pH monitoring tests. The treatment of GERD is multifaceted and includes both medicinal and non-medicinal interventions. Proton pump inhibitors (PPIs) are often prescribed to reduce gastric acid production and alleviate symptoms. Additionally, dietary modification, weight loss, and lifestyle changes, such as elevating the head of the bed and avoiding meals before bedtime, play a crucial role in GERD management. Complications of GERD include the development of Barrett's esophagus, a condition in which the normal squamous epithelium of the esophagus is replaced by intestinal metaplasia. Barrett's esophagus is  associated with a higher risk of esophageal cancer, especially in cases of high-grade dysplasia. Therefore, early detection and regular surveillance through endoscopy are essential to prevent severe complications. Mortality is linked to the progression of the disease to esophageal cancer, particularly in advanced stages. Thus, early diagnosis and timely intervention are crucial to reduce GERD-related mortality. A multidisciplinary approach involving healthcare professionals such as gastroenterologists, surgeons, and other specialists is required to provide comprehensive and personalized care to GERD patients. Proper management of GERD aims to alleviate symptoms, prevent severe complications, and enhance the quality of life for individuals affected by this common gastrointestinal condition.O refluxo gastroesofágico (DRGE) é uma condição na qual o conteúdo ácido do estômago reflui para o esôfago, causando sintomas como azia, regurgitação e dor no peito. O diagnóstico do DRGE é baseado na avaliação clínica e pode envolver testes de monitoramento do pH esofágico. O tratamento do DRGE é multifacetado e inclui intervenções medicamentosas e não medicamentosas. Os inibidores da bomba de prótons (IBPs) são frequentemente prescritos para reduzir a produção de ácido gástrico e aliviar os sintomas. Além disso, a modificação da dieta, a perda de peso e mudanças no estilo de vida, como elevar a cabeceira da cama e evitar refeições antes de dormir, desempenham um papel crucial na gestão do DRGE. As complicações do DRGE incluem o desenvolvimento de esofagite de Barrett, uma condição na qual o epitélio escamoso normal do esôfago é substituído por metaplasia intestinal. O Esôfago de Barrett está associado a um maior risco de câncer de esôfago, especialmente em casos de displasia de alto grau. Portanto, a detecção precoce e a vigilância regular por meio de endoscopia são essenciais para prevenir complicações graves. A mortalidade está relacionada à progressão da doença para o câncer de esôfago, particularmente em estágios avançados. Portanto, o diagnóstico precoce e a intervenção oportuna são fundamentais para reduzir a mortalidade associada ao DRGE. Uma abordagem multidisciplinar, envolvendo profissionais de saúde como gastroenterologistas, cirurgiões e outros especialistas, é necessária para fornecer um cuidado abrangente e personalizado aos pacientes com DRGE. O tratamento adequado do DRGE visa aliviar os sintomas, prevenir complicações graves e melhorar a qualidade de vida dos pacientes afetados por essa condição gastrointestinal comum

Digital controller design considering hardware constraints: application in a paraplegic patient

INTRODUCTION: A methodology was developed for implementing closed-loop control algorithms and for evaluating the behavior of a system, considering certain component restrictions used in laboratory implementation. METHODS: Mathematical functions representing a model of the biological system were used for knee extension/flexion movements. A Proportional Integral Derivative (PID) controller and another one using the root locus method were designed to control a patient’s leg position by applying functional electrical stimulation (FES). The controllers were simulated in Matlab and ISIS Proteus. After the simulations were performed, the codes were embedded in a microcontroller, and tests were conducted on a paraplegic volunteer. To the best of the authors’ knowledge, this is the first time that ISIS Proteus software resources have been used prior to implementing a closed-loop system designed to control the leg position of patients. RESULTS:This method obviates the application of initial controller tests directly to patients. The response obtained in the experiment with a paraplegic patient complied with the specifications set in terms of the steady-state error, the settling time, and the percentage overshoot. The proposed procedure was successfully applied for the implementation of a controller used to control the leg position of a paraplegic person by electrical muscle stimulation. CONCLUSION:The methodology presented in this manuscript can contribute to the implementation of analog and digital controllers because hardware limitations are typically not taken into account in the design of controllers.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES

Inulin diet uncovers complex diet-microbiota-immune cell interactions remodeling the gut epithelium

Abstract Background The continuous proliferation of intestinal stem cells followed by their tightly regulated differentiation to epithelial cells is essential for the maintenance of the gut epithelial barrier and its functions. How these processes are tuned by diet and gut microbiome is an important, but poorly understood question. Dietary soluble fibers, such as inulin, are known for their ability to impact the gut bacterial community and gut epithelium, and their consumption has been usually associated with health improvement in mice and humans. In this study, we tested the hypothesis that inulin consumption modifies the composition of colonic bacteria and this impacts intestinal stem cells functions, thus affecting the epithelial structure. Methods Mice were fed with a diet containing 5% of the insoluble fiber cellulose or the same diet enriched with an additional 10% of inulin. Using a combination of histochemistry, host cell transcriptomics, 16S microbiome analysis, germ-free, gnotobiotic, and genetically modified mouse models, we analyzed the impact of inulin intake on the colonic epithelium, intestinal bacteria, and the local immune compartment. Results We show that the consumption of inulin diet alters the colon epithelium by increasing the proliferation of intestinal stem cells, leading to deeper crypts and longer colons. This effect was dependent on the inulin-altered gut microbiota, as no modulations were observed in animals deprived of microbiota, nor in mice fed cellulose-enriched diets. We also describe the pivotal role of γδ T lymphocytes and IL-22 in this microenvironment, as the inulin diet failed to induce epithelium remodeling in mice lacking this T cell population or cytokine, highlighting their importance in the diet-microbiota-epithelium-immune system crosstalk. Conclusion This study indicates that the intake of inulin affects the activity of intestinal stem cells and drives a homeostatic remodeling of the colon epithelium, an effect that requires the gut microbiota, γδ T cells, and the presence of IL-22. Our study indicates complex cross kingdom and cross cell type interactions involved in the adaptation of the colon epithelium to the luminal environment in steady state. Video Abstrac

Núcleos de Ensino da Unesp: artigos 2013: volume 2: metodologias de ensino e a apropriação de conhecimento pelos alunos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP

Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil

This work was supported by Decit, SCTIE, Brazilian Ministry of Health, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico - CNPq (440685/ 2016-8, 440856/2016-7 and 421598/2018-2), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES - (88887.130716/2016-00), European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement (734548), STARBIOS (709517), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro – FAPERJ (E-26/2002.930/2016), International Development Research Centre (IDRC) Canada (108411-001), European Union’s Horizon 2020 under grant agreements ZIKACTION (734857) and ZIKAPLAN (734548).Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Universidade Federal da Bahia. Vitória da Conquista, BA, Brazil.Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay.Fundação Oswaldo Cruz. Bio-Manguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. San Lorenzo, Paraguay.Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, Ba, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Hospital das Forças Armadas. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal.University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Estadual de Feira de Santana. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Universidade de Brasília. Brasília, DF, Brazil.Universidade Salvador. Salvador, BA, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Norte. Natal, RN, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas Dr. Julio Maiztegui. Pergamino, Argentina.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Instituto de Salud Pública de Chile. Santiago, Chile.Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos Dr. Manuel Martínez Báez. Ciudad de México, México.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Buenos Aires, Argentina.Ministerio de Salud Pública de Uruguay. Montevideo, Uruguay.Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza em Nutrición y Salud. Tres Ríos, Costa Rica.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte. MG, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses

Núcleos de Ensino da Unesp: artigos 2013: volume 2: metodologias de ensino e a apropriação de conhecimento pelos alunos

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